1996年12月5日，贝加尔湖被联合国教科文组织（联合国教育、科学及文化组织）列入世界遗产名录。联合国教科文组织世界遗产委员会在梅里达（墨西哥）举行的第 12 届会议上承认贝加尔湖是杰出淡水生态系统的典范，它是世界上最古老、最深的湖泊，其中包含地球表面 20% 的未冻状态水。
要列入世界自然遗产名录，候选地点必须至少满足四个标准之一：
成为代表地球发展主要阶段的杰出范例，包括古代生命的证据、形成地貌的重要地质过程、具有重要意义的地貌和地貌要素；或者
成为代表生态和生物进化过程、生态系统以及陆地、河流、沿海和海洋动植物群落发展的杰出典范；或者
是具有特殊审美意义的自然现象或领域；或者
包含对生物多样性保护最具代表性和最重要的物种的栖息地，包括那些具有全球科学和保护重要性的物种以及面临灭绝威胁的物种的栖息地。
贝加尔湖满足了这四个人。在该名录中包含的数千种自然物体中，只有十几个符合四个标准。
世界自然遗产地区的地位是最高的保护地位。
保护贝加尔湖独特的生态系统当然是国家的任务。 为了加强对国家战略水体——贝加尔湖的使用的监管，2016 年成立了统一的贝加尔湖 Rosprirodnadzor 管理局。
